Ο Κωνσταντίνος Μιχαλάκης αποφοίτησε από την Οδοντιατρική Σχολή του Α.Π.Θ. το 1989. Το 1990 ξεκίνησε την ειδικότητα της Προσθετικής στο Πανεπιστήμιο Tufts της Βοστώνης, απ’ όπου και αποφοίτησε το 1993. Το 1996 ξεκίνησε το διδακτορικό του στο εργαστήριο της Οδοντικής και Ανωτέρας Προσθετικής, το οποίο και περάτωσε το 2001. Το 2004 του απενεμήθη ο τίτλος του διπλωματούχου της Αμερικανικής Επιτροπής Προσθετικής (Diplomate, American Board of Prosthodontics) μετά από γραπτές και προφορικές εξετάσεις. Το 2006 ξεκίνησε σπουδές στο τμήμα της Εμβιομηχανικής στο Πολυτεχνείο του Πανεπιστημίου του Strathclyde, στο Ηνωμένο Βασίλειο, και το 2008 του απενεμήθη ο τίτλος Master of Science. Το 2016 ολοκλήρωσε το πρόγραμμα
Διοίκησης Δομών Υγείας (Executive Leadership for Healthcare Professionals, Sloan Program in Health Administration) του πανεπιστημίου Cornell των Η.Π.Α. Έχει επίσης περατώσει το πρόγραμμα Master of Science in Experimental and Translational Therapeutics (Πειραματική και Μεταφραστική Θεραπευτική), στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης.
Μέχρι το τέλος του 2021 ήταν Τακτικός Καθηγητής και Διευθυντής του μεταπτυχιακού προγράμματος Προσθετικής στον Τομέα Προσθετικής του Οδοντιατρικού Τμήματος της Σχολής Επιστημών Yγείας του Α.Π.Θ. και πάρεδρος Αναπληρωτής Καθηγητής στο τμήμα μεταπτυχιακών σπουδών Προσθετικής του Πανεπιστημίου Tufts. Τον Ιανουάριο του 2022 ανέλαβε καθήκοντα ως Καθηγητής και Διευθυντής του Τμήματος Αποκαταστατικών Επιστημών και Βιοϋλικών της Οδοντιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Βοστώνης. Έχει δώσει περισσότερες από 70 διαλέξεις στην Ελλάδα και στο εξωτερικό, ενώ έχει γράψει 70 εργασίες πάνω σε θέματα της ειδικότητας του. Έχει πάνω από 1300 ετεροαναφορές στο συγγραφικό του έργο. Είναι μέλος της συντακτικής επιτροπής στο International Journal of Prosthodontics, στο BioMed Research International , και στο Case Reports in Dentistry. Είναι προσκεκλημένος κριτής στο International Journal of Oral and Maxillofacial Implants, στο Journal of Prosthodontics, στο Clinical Oral Implants Research, στο Clinical Oral Investigations, στο Journal of Engineering in Medicine, στο Journal of Biomechanics, στο RSC Advances in Medicine και στο International Journal of Dentistry. Είναι μέλος στην επιτροπή «Εκπαίδευσης και Έρευνας» του International College of Prosthodontists. Είναι επίσης μέλος της επιτροπής των αναπληρωτών μελών της Academy of Prosthodontics. Είναι επίσης μέλος του American College of Prosthodontists, του International College of Prosthodontists, της American Academy of Fixed Prosthodontics, της Academy of Osseointegration, της European Association for Osseointegration, της European Society of Biomechanics, του International College of Dentists, της Ελληνικής Εταιρείας Εμβιομηχανικής, της Στοματολογικής Εταιρείας Βορείου Ελλάδας και της Ελληνικής Εταιρείας Οδοντοστοματολογικής Ερεύνης.
Έχει επιβλέψει μία διδακτορική διατριβή και περισσότερες από 15 διπλωματικές εργασίες μεταπτυχιακών φοιτητών. Έχει πάρει επιστημονικές χορηγίες για ερευνητικούς σκοπούς από τη Nobel Biocare, καθώς και από την Adin Dental Implant Systems Ltd.
Είναι εξωτερικός εξεταστής στην Οδοντιατρική Σχολή του Otago της Νέας Ζηλανδίας και έχει συνάψει συνεργασίες με τα παρακάτω πανεπιστήμια: Tufts University (U.S.A.), Boston University (U.S.A.), Northeastern University (U.S.A.), University of Illinois at Urbana-Champaign (U.S.A.), University of Otago (New Zealand), University of Cambridge (UK), University of Oxford (UK), University of Geneva (Switzerland), University of Bern (Switzerland), University of Duisburg-Essen (Germany), University of Milan (Italy), University of Padova (Italy), Universitat Internaciοnal de Catalunya (Spain).
Είναι ιδρυτής, διευθυντής και επιστημονικός σύμβουλος της "THE PROS CLINIC™".